Imunitní systém jsme částečně zdědili po dávných zvířecích předcích, zachovali jsme si z jejich obranné taktiky to nejúčinnější a dále jsme si vybudovali vlastní zbraně. Používáme to nejlepší prověřené tisíci let vývoje, také však zkoušíme novinky, které se nemusí osvědčit. Teprve další tisíciletí ukážou, co bude fungovat dobře, a co si tedy další pokolení ponechají ve svém obranném arzenálu.
Imunita se vyvíjela zprvu jako obrana před cizorodým materiálem, tělu nevlastním. Pro přežití bylo nutné okamžitě rozpoznat cizí od vlastního, a okamžitě také reagovat. Jen tak bylo možné přežít. Tyto imunitní reakce jsme si s výhodou ponechali až dosud a používáme je k rychlé obraně. Postupně se ale vyvinuly další obranné mechanismy, které již vyžadují určitý čas. K reakci dochází až za několik dnů po prvním kontaktu, zato je ale přesnější a cílenější.
Kdybychom však měli k dispozici pouze tuto novější obranu, zahubily by nás invazivní bakterie, které rychle pronikají a rychle se množí. Další vymožeností našeho imunitního systému je paměť. Buňky si pamatují, že se již jednou s takovým mikrobem potkaly, a doba, než zareagují, je tak velmi zkrácena a přibližuje se oněm primitivnějším prvotním reakcím. Na imunitní paměti je také postaven princip očkování. Tělo si pamatuje svůj první kontakt s očkovací látkou, a tak je již dobře vyzbrojeno k rychlé reakci při kontaktu s daným živým mikrobem.
Jak se stával náš organismus složitějším, ukázalo se, že ne každá cizí látka nebo buňka je nepřítelem. Živiny, vlastní buňky a prospěšné střevní bakterie nemohou být terčem imunitních reakcí. Imunita se tedy také musela naučit rozpoznávat a tolerovat buňky a látky tělu vlastní nebo sice tělu cizí, ale prospěšné. Protože k prvním kontaktům dochází na sliznicích, osamostatnila se slizniční imunita do určité míry od imunity celkové a za jeden z hlavních úkolů si vzala naučit tělo tolerovat prospěšné látky a mikroby.